登记只是物权确权行为，不能作为判断建筑物是否合法的唯一标准。如果房屋未登记面积的建设不违反国家法律，那就应该作为被拆迁人的合法建筑，由有关部门进行依法核实后，根据具体情况进行补偿处理。如果征收方对补偿面积认定有误的情况下，被拆迁人有权对征收方这一行政确认行为先行起诉，以免该认定行为生效后给被拆迁人造成损失。

法律链接————《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十四条的规定，市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。